植物天然产物一般都存在于植物细胞中，且目标产物含量可能非常低;另外由于分离体系中既有与目标产物性质差异非常大的杂质，也有理化性质差别不大的结构类似物，因此很难一步就能纯化出目标产物。在分离纯化过程中，一般要经过从植物中浸提，初分离，纯化和精制四个步骤。

在初分离阶段，由于浸出液中物质十分复杂，目标产物的含量低，且在理化性质上与目标产物相似的杂质数量较多。因此初分离的目的常常是采用多步液一液萃取，吸附层析以及沉淀等分辨率相当低的分离方法，除去大部分的杂质成分，达到浓缩目标产物的目的。

经初分离后进入纯化阶段，需要采用高分辨率的分离步骤来除去仍旧存在的杂质组分。

精制通常包括脱色，去除微量杂质或热源，冷冻干燥或者结晶等。

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